参与平台建设的机构和系统众多,从组织协调层面出发，有步骤、分层次地解决构建制度上整体互联的问题，协调机构间的关系，能保证协同工程管理软件服务平台的建设及建成后服务的顺利运行和持续发展，因而有必要在协调管理机构下设相关工作小组，并明确各自的具体职能。考虑到跨系统平台组织构成的多元化和复杂性，应设协调委员会和监督委员会，在委员会下面设专家组、技术组和评估组三个工作组。
平台建设协调机构是跨系统工程管理软件服务平台建设项目的领导、协调和决策组织。负责指导平台项目的实施与管理,协调项目建设中的有关事宜，监督、检查项目的执行情况等。
协调委员会主要负责项目的组织实施、日常管理和运行维护。拟定项目管理办法和相关的规章制度,定期汇集发布信息，协调项目的进展，组织相关的研讨、培训、交流，负责协调平台建设过程中各工作小组的人员分配等工作。监督委员会负责对平台建设的过程进行监督、督促,对经费的使用情况、
人员的配置等发挥监督职能。
专家组是平台建设的技术与管理咨询组织。专家组的组成人员应该包括信息管理领域的专家、政府部门的相关领导、信息服务机构的专家等。制订相关的发展规划和资源协调方案、工作方案、技术方案等,并协助制订、审议技术标准与规范;研究项目建设中的有关问题，提出改进的意见和建议。
技术组由各信息服务系统抽调技术人员组成，又可以分成标准规划和技术研发两个工作小组，标准规划小组主要负责平台建设中涉及的信息组织加工及传递利用方面标准的研究与应用。技术研发小组强调技术集成与技术创新并重,在已有成果的基础上，充分集成国内外先进、成熟的技术和产品，将技术突破点集中在关键前沿技术的研究与开发上，鼓励创新，突破关键技术。
评估组主要负责对平台建设中各子系统建设实施方案进行评审、检査和验收，协调项目中各个子项目的进展，评估项目建设效果。