围绕知识创新价值链展开的跨系统协同信息服务作为一种有别于传统的信息服务模式，需要国家从信息制度方面进行创新,保证服务顺利开展。在这一背景下，信息服务制度创新目标在于,促进信息服务跨系统的转型,理顺多元化主体关系,完善国家部门、相关机构、组织的信息保障制度,确立信息服务业的良性发展机制，致力于政府主导下的信息服务业发展。通过制度的约束和调节作用，可以有效地实现共赢的信息协同服务的局面，扩大信息资源整合与服务协同的覆盖范围，进一步实现各大系统间的协同与对接。
从经济学角度看，制度是维护共同利益的一个保障，是需求和供给平衡发展的动力和源泉，通过制度的调节杠杆作用，扩大信息整合的覆盖范围，也就进一步实现了各大系统间的整合与对接。①跨系统协同信息工程管理软件服务平台实施的制度保障可以从管理制度、机构运行制度、行业制度体系三个层次推进。
(1)管理制度建设
纵观我国当前的信息服务管理体制，缺乏对跨系统协同信息服务进行有效管理的组织与协调制度。服务于知识创新价值链的信息服务业涉及信息产业、通信、文化、科技、知识产权等多个管理部门，由于信息服务的快速发展，其中暴露出来的矛盾和问题，需要通过创新思维，运用创新的管理制度来协调和推进服务业的健康、持续发展。②在管理中，必须进行跨部门的协作,形成国家知识创新发展全局意义上的制度，因此，管理制度创新应是未来很长一段时间内推进信息服务发展的首要问题。我国在2008年3月进行了行政机构大部制改革,将原信息产业部和国务院信息化工作办公室并入工业和信息化部,这次改革总体上有利于加强信息服务业在国家宏观层面上跨行业、跨部门的管理与协调，有利于信息服务跨系统的管理。2010年10月，国家发改委下发《关于加强区域产业创新建设工作指导意见》,鼓励和支持地方产业创新平台建设，促进跨区域、跨行业的联合，提出建立“国家地方联合创新平台”，探索长效的产业创新平台建设管理运行模式，推动建立国家地方互动协作的工作体系，大力推进产学研用的广泛合作，逐步形成利益共享、风险共担的创新机制。这一举措从管理制度上对区域创新工程管理软件服务平台的建设进行了保障。
（2） 机构运行制度建设
信息服务机构隶属关系、运行关系有待在制度层面上理顺。随着经济体制改革和政府机构改革的推进,原国务院各部（委）和地方政府所属的信息服务机构（中心、所）也进行了相应的变革。国务院有关部（委）的撤并重组、职能转变以及国有企业产权关系的变革与调整，使服务于系统、部门的信息机构的隶属关系和运行机制发生了变化，从而呈现出由政府、企业、高等院校、科研院所、图书馆、协会、联合会以及民间团体多元主体共同参与的信息服务发展格局。一方面，原隶属于政府部门的信息服务机构转制，提岀了运行制度的规范建设问题。另一方面，在市场化运行中，必须确立既有利于政府控制，又有助于信息服务发展的运行制度。如上海市研发公共工程管理软件服务平台为了保障平台的运行，制订了一系列制度:实施新购大型科学仪器设备的联合评议制度,推进大型科学仪器设施共享地方立法工作;联合市法制办、市人大研究拟定《上海市促进科学仪器设施共享规定（草案）》，提出建立信息公开、新购评议、共享评估等制度等。
（3） 行业服务制度建设
由于企业在知识创新价值链上的核心地位和行业信息服务对企业的创新发挥的保障作用，行业信息服务制度建设也是一个重要的方面。从内容上看，既包括金融服务、经济信息服务、市场信息服务制度，也包括公共服务中的科技信息服务制度，必须对行业信息服务与科研系统、图书馆系统的业务协调进行制度上的规范，服务的组织涉及跨系统问题,要求从制度上保障。在行业信息服务体制建设中，首先应明确行业信息服务的机构归属和地位。如果行业信息服务机构是政府部门建立的，开展面向企业、社会和其他主体的服务，就决定了其政府管理体制。如果行业信息服务由各行业协会组织,服务依托于行业协会开展，服务对象不管是否包括行业内外企业、公众、政
府,其体制都应是政府主导下的行业协会管理体制。不管是何种体制，行业信息服务的开放化和社会化决定了它在服务于国家创新、企业发展和社会繁荣中的地位。从全局考虑，应在国家制度框架下进行行业信息服务规划、制度管理和发展导向。