知识创新的系统实现过程是多主体、多部门交互作用的结果，信息服务系统间通过业务合作使得信息在知识创新中发挥作用，实现协同创新。以信息服务系统间业务合作为中心的协同方式主要有以下三种。
(1)水平协同模式
水平合作模式是信息服务机构根据自己的特点和发展方向，同其他服务机构在业务方面开展合作的协同模式。这种合作是在一个平面上进行的,合作的内容是综合性的，一般是以各自的优势或需要加强的项目同其他信息服务机构进行业务协作，以便共同配置、开发、利用信息资源,优化资源结构，开发基于资源共用的信息服务业务，提高服务水平。在这种模式中，各服务机构有不同的隶属关系,彼此间的合作需要多方面的关系协调，因而这种合作模式多用于同领域的信息服务机构之间。如上海市行业情报服务网的建设,
在针对中小企业在知识创新中的立项、研发和产业化的创新过程中，在生物、软件、光电、石化、机电和海事等行业建立信息服务机构之间的合作,这些信息服务机构既有传统的图书情报部门，也有新型的商业服务公司，民营的信息咨询企业，专业的科研院所、行业协会等加入到合作中来。
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垂直协同模式
与水平合作服务模式相比，垂直模式是信息服务机构为了满足某一特定群体特定需要而进行的业务协作。这种合作是在同一系统或同一服务链上进行的纵向整合式合作。利用这种方式进行资源的集成共享，其内容集中且深入,能够专注于某一领域，并能长久地进行专业信息资源的建设,提供服务。垂直合作多用于服务产业链的上下游组织机构之间。在网络环境下，信息服务系统将服务业务链条从信息产品的生产向信息内容的服务延伸，其业务范围已然跨越传统信息服务业务链中信息产品的生产与信息中介服务提供的分工界限，信息服务产业链的各个产业环节之间在服务内容与服务模式上逐渐形成交叉与融合的态势。例如信息内容提供商和信息资源开发商之间的合作，一些网络信息的内容提供商的业务扩展模式已从单纯经营信息产品的生产与信息传输，向集信息的网络化釆集、信息组织、信息检索与原文提供于一体的信息服务模式过渡，并逐步建成以信息资源的开发为基点，依赖公共信息网络为信息管理平台构筑信息服务网络，在对各类信息资源实施全面整合的基础上形成信息产品体系，以网络链接形式覆盖了包括原始文献、文献检索工具等不同层次的信息产品。
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网络协同模式
网络合作是一种综合性的机构业务合作模式，它既包括同领域服务机构间的业务合作，也包括上下游服务组织间的业务联合,它可以面向社会大众和知识创新主体用户开展服务业务。信息化环境下，网络合作模式的运作依托于互联网，各服务机构作为网络节点,在共享服务资源的基础上，面向用户提供协同信息服务。